哈爾濱工程大學研究生教育的歷史可以追溯到哈軍工時期。1955年3月，哈軍工黨委做出了培養研究生的決定，當年招收3名海軍工程系研究生，開創了學校研究生教育歷史的新紀元。學校1981年被國務院批準為首批博士、碩士學位授權單位；1997年開始招收全國第一批工程碩士研究生；2002年，教育部批準學校試辦研究生院，成為全國57所設有研究生院的高校之一，學校進入國家研究生培養主力軍行列。2011年，學校入選首批“全國工程碩士研究生教育創新院�！�，成為全國50所創新院校之一。
目前，哈爾濱工程大學有博士學位授予權一級學科14個，碩士學位授予權一級學科32個；國家一級、二級重點學科各1個，黑龍江省重點學科群1個、一級重點學科11個。在國家第四輪學科評估中船舶與海洋工程、控制科學與工程學科分別獲得A+和A-等級，核科學與技術、動力工程及工程熱物理、信息與通信工程、計算機科學與技術、管理科學與工程位居國內前列，一級學科博士點排名全部進入全國前30%。學�？稍诮洕鷮W、法學、教育學、文學、理學、工學、管理學、藝術學等8個門類招收碩士研究生，在理學、工學、法學、管理學等4個學科門類招收博士研究生，并可招收電子信息、機械、材料與化工、能源動力、土木水利、工商管理碩士、公共管理碩士、翻譯碩士、社會工作等9種類別專業學位碩士研究生，招收機械、能源動力等2種類別專業學位博士研究生，形成了支撐學校高層次創新人才培養的學位授權體系。
截至2019年10月，學校各類在校研究生總數為9535人，其中博士生2344人，碩士生7191人，留學研究生456人。學校共有導師1579人，其中博士生導師652人，碩士生導師927人。
學校與中船重工703研究所、中國電子科技集團第49研究所等單位聯合建立了6個省級研究生培養創新示范基地，學校與中國船舶重工集團公司第703研究所、環境保護部核與輻射安全中心聯合培養研究生實踐基地獲評“全國示范性工程專業學位研究生聯合培養基地”。作為行業特色型高校，船舶與海洋工程、控制工程、核能與核技術3個工程領域入選“全國工程碩士研究生教育特色工程領域”。
學校為國家留學基金委“建設高水平大學公派研究生項目簽約高�！�，與美國加州大學伯克利分校、德國慕尼黑工業大學、英國南安普頓大學、英國利茲大學、日本北海道大學合作的人才培養項目入選“國家創新型人才國際合作培養項目”�！峨S機過程》《聲學測量》《核反應堆工程》《現代設計方法》4門課程入選教育部“來華留學英語授課品牌課程”�！洞霸诓ɡ酥羞\動的勢流理論》《模式識別》2門課程入選全國工程專業學位教指委研究生教育在線課程重大建設項目。
近年來，學校堅持“三海一核”特色辦學方略，全面推進“創新推動，打造品牌”的人才培養戰略，研究生教育取得了明顯進步和發展，辦學規模不斷擴大，為國家和社會培養了多門類高層次專門人才。從2003年至今，學校累計培養碩士、博士以及各類專業學位碩士3萬余名，研究生畢業生就業率連續多年保持在95%以上，每年海軍、船舶、核工業系統等幾百家用人單位專程到我校招聘畢業生，使我校畢業生在激烈的就業競爭中具備了特色的優勢和競爭力。
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